El catolicismo era la única comunidad religiosa reconocida durante la época colonial. Sin embargo debido al alto número de población indígena con su propia religión (politeísta), siempre hubo tendencias al sincretismo religioso entre la gente que habitaba el país originalmente. El protestantismo ha aumentado notablemente en décadas recientes, debido a llegada de estas denominaciones desde Estados Unidos en la década de los 1970.
Está creciendo el número de cristianos ortodoxos. Los seguidores de la ortodoxia, por su mayor parte, pertenecen a los patriarcados de Constantinopla y Antioquía.
Las creencias tradicionales mayas son practicadas por un porcentaje mediano de la población, ya que en muchos casos suele estar presente en las ceremonias católicas a través del mencionado sincretismo religioso. La práctica de la religión tradicional maya aumentó como consecuencia de las protecciones culturales establecidas bajo los Acuerdos de Paz, existiendo ahora grupos religiosos indígenas que tienen sus propios sacerdotes mayas, principalmente en el occidente del país. Últimamente el gobierno ha instituido una política de proveer altares en cada ruina Maya encontrada en el país, de modo que puedan ser realizadas las ceremonias tradicionales por parte de estos grupos religiosos.
