Debido a la falta de caminos, a la incomunicación y al acecho de los piratas, el rey Felipe III y sus ministros, deciden dividir la isla en dos gobiernos, con representaciones en La Habana y en Santiago de Cuba. La autoridad suprema correspondería en lo militar al gobernador de La Habana, con la finalidad de unificar los medios de defensa, pero en todo lo demás Santiago gozaría de casi una total independencia.