Es el único país de América Central que no es bañado por el mar Caribe, aunque cuenta con una posición privilegiada en la fachada centroamericana del océano Pacífico. Su frontera más extensa (343 km) es compartida con Honduras y va desde la desembocadura del río Goascorán (frente a la isla Conejo en el Golfo de Fonseca) hasta el cerro Montecristo; su frontera con Guatemala se extiende a lo largo de 203 km, desde la desembocadura de río Paz hasta el cerro citado. Por el SO, en el golfo de Fonseca, los estados ribereños (Honduras, Nicaragua y El Salvador) han establecido los límites de sus respectivas aguas jurisdiccionales. Según la altura al nivel de mar, se distinguen 3 zonas climatéricas: tierra caliente de 0 a 600 metros, tierra templada, de 600 a 1200 mts., y tierra fría o clima tropical de altura, de 1200 hasta 2700 mts. Desde el punto de vista meteorológico, hay dos estaciones y dos transiciones: Estación seca, de noviembre a abril, y estación lluviosa, de mayo a octubre, con un lapso aproximado de 30 días de transición entre cada una. La mayor parte del territorio Salvadoreño se distingue por una topografía escabrosa, debido a las actividades volcánicas y teutónicas ocurridas durante la era Terciaria; desde el punto de vista morfológico, el territorio se divide en las siguientes regiones: Planicie Costera, Meseta Central, Cadena Interior, Fosa Interior, Valle Central y Cordillera Fronteriza. Existen más de 25 volcanes extintos que presentan pequeños y grandes cráteres, algunos son correntadas de lava calcificada, entre los cuales tres son consideradas como en reposo, ya que muestran una débil actividad en forma de fumarolas estos son los volcanes de Izalco, Santa Ana, y San Miguel. Los otros más importantes son los de Usulután, Tecapa, Conchagua y San Vicente. El volcán de Izalco estuvo en actividad continua con erupciones intermitentes cada media hora, desde el año de 1770 hasta 1957. Posee montañas con una estrecha franja en la costa y una meseta central. Tiene problemas con la deforestación, erosión de tierra, contaminación de agua, contaminación de tierras por depósitos de basura. Posee recursos naturales como la fuerza hidroeléctrica y geotérmica, y el petróleo.
El Salvador se divide en 14 departamentos compuestos por: San Salvador (capital), Ahuachapán, Cabañas, Cuscatláan, Chalatenango, La Libertad, Morazán, La Paz, San Miguel, San Vicente, Santa Ana, Sonsonate, La Unión y Usulután y alrededor de 260 municipios.
Limita al norte y noreste con Honduras, aproximadamente 343 kilómetros desde el cerro Trifinio de Montecristo hasta la desembocadura del río Goascorán. Al oeste con Guatemala con 203 Kilómetros desde la desembocadura del río Paz hasta el Cerro Trifinio de Montecristo. Al Sur con el Océano Pacífico, desde la desembocadura del río Paz hasta la ídem del río Goascorán, aproximadamente unos 321 kilómetros y al Sureste con el Golfo de Fonseca que lo separa de Nicaragua.
Se extiende desde la desembocadura del Río Paz hasta la del Goascoran. Las costas son generalmente bajas arenosas y cenagosas, excepto en las regiones de las regiones del balsamo y frente a la cordillera Jucuaran-Intipuca-Conchagua, en donde existen acantilados (Litoral de Golfo de Fonseca). A lo largo de toda la costa se encuentran muchas puntas, bahías, esteros, barras, esteros e isletas.
El Salvador posee más de 300 ríos y torrentes, ninguno de ellos nabegables, como consecuencia de sus abundantes precipitaciones y de la orientación y disposición estructural del relieve. Sin embargo, debido a a la proximidad de la montaña al Océano Pacífico, donde desembocan, y la concentración de las precipitaciones en una estación del año, la mayoría de las corrientes fluviales son poco caudalosas y cortas, de régimen irregular y carácter torrencial. En efecto, muchos arroyos se quedan sin agua durante la estación seca; por el contrario, la accidentada topografía permite el aprovechamiento hidráulico de los rápidos y cascadas, cuya fuerza potencial se calcula en 300.000 caballos de vapor. El río principal es el Lempa, con una longitud de 350 km desde su nacimiento en la montaña de las Moras, cerca de Esquipulas, en Guatemala, hasta su desembocadura en el Pacífico. Su cuenca hidrográfica abarca la mayor de la superficie nacional (87%). Es además, el río más caudaloso y regular, a pesar de las crecidas que durante la estación de lluvias inundan las tierras de cultivo, provocando en ocasiones importantísimos daños. Otros ríos destacables de El Salvador son, en sentido N-S, desde las sierras al Pacífico: el río Paz, que nace en las montañas de Quezalapa, en Guatemala, y forma la frontera natural con este país; el Jiboa, que desagua en el lago de Ilopango; el Grande de San Miguel, con su cabecera en una hoya interior, que cuenta con aguas de tres arroyos procedentes de las montañas de Cocaguatique y drena la parte oriental de El Salvador, y, por último, el río Goascorán, que nace en Honduras y tiene frontera natural con este país hasta desembocar en la bahía de Fonseca.
Cuenta con numerosos lagos, que proporcionan parajes de gran belleza y son aprovechados para el turismo y las prácticas deportivas. La mayor parte de estos lagos son de origen volcánico y tectónico. Entre ellos destacan el Güija, el de mayor extensión (300 km²), situado en la frontera con Guatemala, que se originó por el hundimiento de un antiguo volcán; el Ilopango (78 km²), próximo a la capital, que ocupa el fondo de una amplia caldera de explosión, y el Coaatepeque, en las estribaciones del Volcán Santa Ana, cuyas aguas poseen propiedades medicinales y es el menos extenso pero el más profundo de los tres (120 m). Otros lagos y lagunas lo podemos encontrar en los diferentes departamentos en que se dividen el país, tales como Ahuachapán: Laguna El Llano, Las Ninfas, Laguna Verde; Santa Ana: Lagunas de Metapán y Cuscacuapa; Chalatenango: Suchitlán entre Cuscatlán y Chalatenango; La Paz: Laguna de Nahualapa; San Vicente: Laguna de Chalchuapa, Apastepeque, Ciega, Talqueza, Lagunetas de El Matazano y Del Cajón; Usulután: Alegría; San Miguel: Laguna de Aramuaca, San Juán, Olomega y El Jocotal; La Unión: Laguna de Los Negritos, El Pilón, Managuara y Maquigue.
El Salvador es un país montañoso con un clima subtropical modificado por la altura y los efectos del mar. La flora es, por tanto, de gran variedad y riqueza. En las zonas montañosas abundan los bosques de roble y pino. En las llanuras centrales y los valles se pueden encontrar especies propias de la sabana. El Salvador cuenta con apreciadas especies forestales, como la caoba, el cedro, el laurel y el níspero. Según estudios oficiales, 90% de la vegetación de El Salvador ha sido eliminada, dos terceras partes del país están fuertemente erosionadas y sometidas a una explotación agrícola inapropiada y apenas 2% del bosque original se encuentra intacto. El árbol nacional es el maquil-ishuat, frondoso árbol cuyas ramas quedan en la estación sin hojas, aunque cubiertas con flores rosadas o blancas. En la zona costera proliferan las especies tropicales, como las palmeras, los cocoteros y los mangos. Hay además mas de 200 variedades de orquídeas, así como de abundantes flores de atractivos coloridos. Para conservar la flora en su estado natural y original se han creado reservas ecológicas y parques naturales.
Debido a que el 67% de la superficie del país está dedicada a la explotación agrícola y ganadera, las especies autóctonas de El Salvador son menos abundantes que en los países vecinos. Sin embargo, el país cuenta con una gran variedad de especies de aves y reptiles, entre las que destacan la urraca, la garza, la tortuga y diversas especies de cocodrilos. Existe una gran variedad de aves (más de 400), con unas 17 especies diferentes de colibríes, que pueden ser observados en el Parque Nacional Cerro Verde. Para remediar estos problemas se han establecido áreas de conservación como reservas ecológicas y parques nacionales, para conservar la flora en su estado natural y original, y evitar así la extinción de la fauna. Las más importantes son el Cerro Verde, Parque Deininger, El Imposible, Nancuchiname, La Laguna del Jocotal y el Bosque Nebuloso de Montecristo.
