La biblioteca del museo “Hector Gamboa Paniagua” es una unidad de información especializada en las áreas de historia natural, antropología, arqueología, historia de Costa Rica, conservación, restauración, museografía y museología. Ofrece los servicios de préstamos de sala, referencias, búsquedas bibliográficas, bases de datos propias, servicio de alerta y préstamo interbibliotecario. La biblioteca lleva el control de la suscripción y el canje de las revistas publicadas por el Museo Nacional, Vínculos (antropológica) y Brenesia (historia natural).