Fundada en 1560 por la segunda orden que vino a Comayagua, los Antoninos, por lo que el nombre original fue de Iglesia de San Antonio con su convento adjunto. Para 1575 el templo estaba bajo la tutela de los Franciscanos, que llegaron a Honduras gracias a las gestiones que el Obispo, Fray Jerónimo de Casilla llevó a cabo. Durante el terremoto de 1774 se cayó la cúpula original, y fue sustituida por una falsa cúpula de madera. Según grabados del siglo XIX, su artezonado era mudejar con tirantes de par y nudillo y trabajo de laceria, sin embargo, después del terremoto de 1808, este artezonado quedo muy dañado, pero persistió hata 1916, cuando los Capuchinos lo mandaron cubrir con falsa cúpula de madera y bóveda de cañón corrido en la nave central y las naves laterales de cobertura plana. En su única torre se encuentra colocada lo que probablemente es la campana más antigua de América, en ella se puede leer "Campana la Antoniana, fundida en Alcalá de Enares en el año de 1460". En su interior encontramos varios retablos de madera dorada con lamina de oro. En uno de sus nichos apreciamos la cruz que inicialmente se encontraba en la plaza y que según la historia en el año de 1603, un fantasma en forma de nube aparecía todos los viernes en el río chiquito y a las doce del día envolvía a esta cruz, hasta que fue objeto de un rito de exorcismo por el sacerdote franciscano Fray Esteban Verdelete. Posee también el Nazareno más hermoso de Comayagua, cuya mirada hechiza a quien la ve, causándole encontrados sentimientos.