Se encuentra alojado en una casa del siglo XVI que ha sido totalmente restaurada, y que durante parte del período republicano fue sede de la primera casa presidencial de Honduras, aquí también funcionó el Congreso Nacional. En el salón dedicado a la biblioteca se han encontrado pinturas que nos hacen pensar que allí funcionó la sede de la Suprema Corte de Justicia de Honduras. En 1862 funcionó aquí la sede del poder ejecutivo del gobierno como la Casa Presidencial, la cual permaneció aquí hasta que la capital fuera trasladada a Tegucigalpa. Durante este siglo, esta construcción funcionó como comandancia de armas, correos, telégrafos y finalmente, a partir de la década de los 1940, como museo. Entre sus últimas modificaciones antes de ser restaurada está la que se efectuó en 1940 durante la administración Carias. Hoy funciona aquí un museo de arqueología y una escuela dedicada a rescatar los antiguos estilos de construcción. Se entrenan albañiles, carpinteros, herreros, pintores, etc, todos orientados a rehabilitar los antiguos edificios de la época de gloria de Comayagua. El museo es probablemente el único del mundo dedicado a la cultura Lenca, posee una rica colección en cerámica policromada compuesta por vasijas vasos, piezas de jade etc. Actualmente en su sala de exposiciones temporales se puede apreciar una colección de mas de doscientas fotografías de la Semana Santa en Comayagua, que incluyen alfombras, procesiones monumentos, e imágenes de santos, también se puede apreciar una alfombra hecha de aserrín multicolor.