La SIECA fue creada por el Tratado General de Integración Económica Centroamericana, suscrito en la ciudad de Managua, Nicaragua, el 13 de diciembre de 1960. De conformidad con ese instrumento, la SIECA es una persona jurídica, con sede en la ciudad de Guatemala, República de Guatemala.Conforme el artículo 28 del Protocolo de Tegucigalpa a la Carta de la Organización de Estados Centroamericanos (ODECA), suscrito por los Presidentes de Centroamérica el 13 de diciembre de 1991, la SIECA es la Secretaría que se ocupará de los asuntos económicos del Sistema de la Integración Centroamericana (SICA), que se creó mediante este instrumento. De acuerdo a lo establecido en el instrumento de referencia, la SIECA conserva la personalidad jurídica, atribuciones y funciones que le asigna el Tratado General.Finalmente, el Protocolo al Tratado General de Integración Económica Centroamericana, conocido como Protocolo de Guatemala, suscrito el 29 de octubre de 1993, institucionaliza el Subsistema de Integración Económica y establece en el artículo 43 que la Secretaría de Integración Económica Centroamericana (SIECA) es el órgano técnico y administrativo del proceso de integración económica centroamericana, de los órganos que no tengan una Secretaría específica y del Comité Ejecutivo de Integración Económica (CEIE); dispone además que tendrá personalidad jurídica de derecho internacional y que le corresponde, además de servir de enlace de las acciones de las otras Secretarías del Subsistema Económico, la coordinación con la Secretaría General del Sistema de la Integración Centroamericana, en concordancia con lo dispuesto en el Artículo 28 del Protocolo de Tegucigalpa y en ejercicio de una autonomía funcional.